內(nèi)貿(mào)海運集裝箱市場的以國有性質(zhì)的航運公司為主，私營內(nèi)貿(mào)航運公司也得到蓬勃發(fā)展，尤其是2008年在金融危機的沖擊下，遠洋運輸一蹶不振。而我國內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸市場一枝獨秀，內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸市場迎來快速發(fā)展，但同樣我國內(nèi)貿(mào)海運集裝箱運輸發(fā)展中也存在的問題。

（1）內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸管理機制不健全
（2）缺乏有效的理貨機制。外貿(mào)集裝箱運輸在海關(guān)體系的嚴格要求和管理下，其理貨機制是很完善的。但內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸卻根本沒有理貨這個程序。理貨機制的缺失帶來了幾個嚴重的問題：
       A.出現(xiàn)貨損的法律空白。由于沒有理貨機制，貨主、港口、收貨人往往會由于某種原因造成的貨物缺失而產(chǎn)生爭議，但卻沒有有效的文件來證明或澄清。
       B.不能對危險品進行有效監(jiān)控。在沒有理貨監(jiān)督的條件下，部分貨主就可以不報、瞞報危險品，或者夾帶危險品，從而為運輸安全帶來了嚴重隱患，極大地威脅到人民生命財產(chǎn)的安全。
       C.內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸超載現(xiàn)象嚴重，內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸超載是市場存在的主要問題之一。內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸中貨主為了節(jié)省運費獲得較大利潤，主觀上希望最大限度地利用集裝箱的空間。由于內(nèi)貿(mào)集裝箱貨物種類繁多，甚至大量的建材、焦炭以及糧食都采用集裝箱運輸，因此就很容易造成內(nèi)貿(mào)集裝箱的嚴重超重，目前這種現(xiàn)象在我國港口普遍存在，但由于港口區(qū)域之間競爭因素大多采取忍讓的態(tài)度。
（3）內(nèi)貿(mào)單證體系不完善目前，內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸體系存在著嚴重的單證體系不完善的問題，主要表現(xiàn)為：不同的港口有著不同的單證，不同的船公司其單證也不一致。
（4）內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸價格體系不健全，交通部在內(nèi)貿(mào)集裝箱發(fā)展初期制定了內(nèi)貿(mào)港口有關(guān)收費的規(guī)則，明確規(guī)定了港口對于內(nèi)貿(mào)集裝箱的收費標準。但是，這一標準嚴重低于外貿(mào)，基本上是外貿(mào)集裝箱相關(guān)收費的一半。但隨著內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸?shù)陌l(fā)展這樣的價格機制已成為了內(nèi)貿(mào)集裝箱發(fā)展的制約因素。同時由于內(nèi)貿(mào)集裝箱運價沒有一個有效的監(jiān)督機制，船公司之間在同一航線上的價格惡性競爭，也影響了內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸市場的健康發(fā)展。
（5）內(nèi)貿(mào)水路集裝箱運輸市場準入機制需要調(diào)整
從港口層面來看，部分港口原先是從事外貿(mào)集裝箱業(yè)務的，轉(zhuǎn)為內(nèi)貿(mào)集裝箱碼頭或內(nèi)外貿(mào)兼作的碼頭后，仍然能夠保證擁有較完備的碼頭基礎(chǔ)設(shè)施和管理體系。但部分中小內(nèi)貿(mào)集裝箱碼頭在基礎(chǔ)設(shè)施條件和管理體系方面則有著很大的差距，閘口系統(tǒng)、信息系統(tǒng)、安保體系等都不健全。從船公司的層面來看，水陸內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸市場的門檻要遠低于外貿(mào)集裝箱運輸，因而出現(xiàn)內(nèi)貿(mào)水陸運輸市場船型混雜，質(zhì)量參差不齊，公司的運營管理體系也千差萬別，這也是導致運價市場混亂的部分原因之一。
（6）內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸基礎(chǔ)設(shè)施水平落后，裝卸費率偏低。目前，我國內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸港口的基礎(chǔ)設(shè)施水平還非常落后，內(nèi)貿(mào)海運大部分碼頭由雜貨碼頭改造而成，基礎(chǔ)條件要遠落后于外貿(mào)集裝箱碼頭，極大地影響了內(nèi)貿(mào)集裝箱運輸向更高層面的發(fā)展。碼頭裝卸作業(yè)，內(nèi)、外貿(mào)集裝箱在碼頭的裝卸成本幾乎相同，但是裝卸費率卻僅有外貿(mào)集裝箱裝卸費率的1/2，加上油價的漲幅和人工費用，這就給內(nèi)貿(mào)集裝箱碼頭帶來了較大的成本壓力，碼頭管理方也不愿意花費高昂的代價來更新基礎(chǔ)設(shè)施